Aile hayatının sıradanlığına sıkılan Şrek, “eski günlere” dönmeyi diler ve kurnaz Rumpelstiltskin’le bir anlaşma yapar. Ancak bu dilek, Şrek’in hiç var olmadığı alternatif bir evreni doğurur. Fiona bir savaşçıya, Eşek yabancıya dönüşmüş; krallık ise kaos içindedir. Şrek, gerçek mutluluğun ne olduğunu yeniden keşfetmek zorundadır.